Benny y Joon son los nombre de dos hermanos que viven lo más apartados del mundo que pueden. La razón es que la inteligente Joon (Mary Stuart Masterson) está mal de la cabeza. Benny (Aidan Quinn) la mantiene aislada de la gente para evitar que nadie pueda causarle mal. Pero el destino tiene otros planes y el extravagante Sam (Johnny Depp), un incondicional admirador de los genios del cine mudo, Bester Keaton y Charlie Chaplin (a los que imita maravillosamente bien), hace su entrada en la vida de Joon. Estas dos almas originales, artísticas y por ello incomprendidas, se enamorarán.